Cara menggunakan Hyperchem :)

Assalamualaikum wr.wb

Waktu nya ngeblog lagi.. Kemarin admin udah posting tutorial memakai hyperchem bab 14. Nah pagi ini, admin mau kasih tau yang Bab 8. simak yaa.. :)

Bab 8. Bekerja dengan makromolekul

Kompetensi pada Bab ini:

• Membaca Brookhaven Format PDB File 
• Membuka file PDB.
• Menampilkan Struktur
• Menampilkan Jembatan disulfida 
• Memilih Struktur Cincin 
• Menampilkan Ikatan Hidrogen  
• Mutagenesis spesifik lokas
• Memutar Rantai Samping

 Menampilkan Struktur
Menampilkan Struktur Primer
Untuk menampilkan struktur primer molekul:
1. Pastikan Tampilkan hidrogen dimatikan pada menu Display. Hal ini membantu agar

   tampilan tidak berantakan

2. Pilih Backbone pada menu Pilih. Ini menyoroti tulang punggung.
3.Tekan spasi. Anda bisa melihat lebih dekat pada tulang punggung. Jika anda

    menekan space bar ketika suatu daerah dipilih, Anda memperbesar pada daerah itu.

4. Pilih Tampilkan Seleksi Hanya pada menu Display. Ini hanya menampilkan tulang

    punggung.

5. klik kanan pada area kosong dari tempat kerja. Ini membatalkan pilihan tulang

    punggung.

Menampilkan Rantai Samping
Untuk menampilkan kembali rantai samping:
1. Pilih Tampilkan Semua pada menu Display.

Menampilkan Helix Alpha
Untuk menampilkan helix alpha:
1. Pastikan Beberapa Seleksi dan Residu dipilih atas Pilih menu.
2. Pilih Pilih pada menu Pilih untuk membuka dialog Pilih kotak.
3. Pastikan Dengan nomor yang dipilih, dan kemudian L-klik pada Residu.

4. Masukkan 47 di Residu / atom kotak teks, lalu pilih OK. Ini akan memilih SER 47.

    Ini adalah cara mudah untuk memilih residu tertentu dalam molekul

5. Buka kotak dialog Select lagi dan menentukan nomor residu 55. Residu 47 dan 55

    yang disorot.

6. Tarik kiri antara residu 47 dan 55. Ini akan memilih semua residu antara 47 dan

     55.

7. Pilih Tampilkan Seleksi Hanya pada menu Display. Ini menunjukkan tampilan rapi \

    dari residu yang dipilih.
8. Tekan spasi untuk pusat seleksi di tempat kerja.
9. Kilik kanan pada area kosong untuk hapus residu.

10. Pilih Pilih Backbone pada menu Select, kemudian Tampilkan Seleksi Hanya pada

     menu Display. HyperChem menampilkan hanya tulang punggung dari heliks alfa

     yang sesuai residu 47-55. Sisa tulang punggung adalah dipilih tapi tidak

     ditampilkan.

11. Menerjemahkan dan memutar heliks alfa sehingga pada akhir. Seharusnya

     terlihat seperti ini:

12. Pilih Tampilkan Semua dan Skala untuk Fit pada menu Display.
13. Masuk ke modus seleksi dan R-klik pada area kosong dari ruang kerja untuk

     hapus pilihan.

Memilih Struktur Cincin

Anda dapat menggunakan fitur cincin-temuan HyperChem untuk menampilkan residu yang membentuk cincin dalam protein.

Untuk menampilkan struktur cincin:

1. Mengubah tingkat pilih untuk Atom.

2. Klik ganda di tengah-S-S-ikatan. Ini akan memilih cincin terbentuk melalui jembatan disulfida antara CYX 14 dan CYX 38.

3. Tekan spasi ke pusat cincin di tempat kerja.

4. Pilih Tampilkan Selection Only.

5. Menggunakan kotak dialog Label, pilih Nama + Seq untuk label residu dengan nama dan urutan. Ini hanya menampilkan cincin label dengan nama dan urutan.

6. Putar ring sampai terlihat seperti ini di tempat kerja ini

Menampilkan Hidrogen Obligasi

Untuk menghitung dan menampilkan ikatan hidrogen:

1. Masuk ke modus seleksi dan klik kanan pada area kosong untuk membatalkan pilihan cincin.

2. Pada menu Display, pilih Tampilkan Semua, dan kemudian Skala untuk Fit. Seluruh molekul ditampilkan dan berpusat di tempat kerja.

3. Hapus label dari layar.

4. Hidupkan Tampilkan hidrogen dan Tampilkan Obligasi Hidrogen pada. Tampilkan Obligasi Hidrogen menampilkan ikatan hidrogen mungkin antara atom-atom yang dipilih, atau, tanpa seleksi, menampilkan hydrogen obligasi untuk semua molekul dalam sistem.

5. Pilih Obligasi H Recompute pada menu Display. HyperChem menampilkan ikatan hidrogen sebagai garis patah.

6. Tekan [PgDn] untuk memperbesar sampai ikatan hidrogen jelas terlihat.

7. Tekan spasi untuk kembali ke skala-to-fit tampilan.

Catatan: Jika Anda mengubah susunan molekul di tempat kerja (misalnya, oleh terjemahan XY) atau jika perubahan HyperChem konformasi dalam perhitungan, pilih hidrogen Recompute Obligasi untuk melihat ikatan hidrogen up-to-date.

Mutagenesis spesifik lokasi

Dalam Pelajaran 6 Anda melakukan mutagenesis spesifik lokasi pada bradikinin. Dalam latihan ini, Anda melakukan serangkaian mutasi di luar struktur.

Untuk bermutasi struktur:

1. Pastikan Beberapa Seleksi dimatikan.

2. Label residu dengan memilih Nama + Seq.

3. Gunakan kotak dialog Select memilih residu 58.

4. Zoom in pada pemilihan dan posisi struktur untuk melihat seperti ini:

5. Dengan ALA 58 masih dipilih, pilih Bermutasi pada Database menu, dan mengganti ALA 58 dengan VAL.

6. Gunakan kotak dialog Select untuk memilih Gly 57. Gantilah dengan PHE.

7. Ganti residu 56 dengan ALA dan residu 55 dengan VAL.

Memutar Rantai Samping

Anda dapat mengubah torsi sudut Rantai samping dengan menggunakan fitur side-chain
selection dan pilihan rotasi internal Z rotation tool.

Untuk memutar rantai samping:
1. R-klik pada area kosong untuk menghapus seleksi.
2. Atur select level untuk Atom. 

3. Posisi struktur untuk terlihat seperti ini.

 

 4. Klik dua kali pada sisi C^b ikatan C^a-C^b dari VAL untuk memilih rantai samping baru

 

5. Klik-L pada alat rotasi 

6. Tarik-R kursor rotasi Z horizontal di ruang kerja untuk memutar rantai samping valin.

 

Catatan: Untuk meningkatkan kecepatan rotasi, menghapus bagian dari molekul dari layar. Pilih bagian dari molekul sekitar residu valin. Pilih Show Selection Only pada Display menu dan klik-R di area kosong untuk deselect sebelum memilih rantai samping untuk rotasi. Z. 

7. Untuk menyelesaikan pelajaran ini, pilih New pada menu File, dan tidak menyimpan perubahan saat ini.

 
Untuk informasi lebih lanjut tentang file PDB Brookhaven, lihat Bab 9, "Protein Data Bank File," dalam HyperChem untuk Windows Referensi Manual dan untuk informasi lebih lanjut tentang mutagenesis situs-spesifik, lihat Bab 5, "Membangun Molekul." Di manual yang sama.